Исследование посвящено анализу методологии учета и распределения затрат в многостадийных инновационных проектах по разработке промышленного продукта, характеризующихся высоким риском технической реализации. На основе теоретического анализа и практического кейса доказывается, что эффективное управление ресурсами в таких проектах требует не корректировки, а фундаментального пересмотра традиционных систем калькулирования и учета, а чаще всего – интеграции систем. Ключевыми элементами предлагаемого подхода выступают гибкое комбинирование методов калькулирования (аналоговых, параметрических и «снизу вверх») на различных стадиях жизненного цикла проекта по разработке продукта, дифференцированная капитализация и амортизация затрат, а также проактивное резервирование средств под различные категории рисков. Предложены конкретные механизмы трансформации управленческого учета: внедрение поэтапного метода распределения затрат, формализацию критериев перехода между стадиями проекта, создание системы сквозного контроллинга, интегрирующей управленческий, бухгалтерский и налоговый учет. Сделан вывод о высокой эффективности адаптивной системы учета для повышения точности калькулирования, оптимизации налоговой нагрузки и управления финансовыми рисками, с доказательством значимости интеграции учета с проектным управлением и риск-менеджментом для достижения стратегических целей инновационного развития отечественного производства.